Nandja begon met voetballen bij Harburger Türksport.[1] In 2018 maakte hij op elfjarige leeftijd de overstap naar de jeugdopleiding van Hamburger SV.[2] Daar doorliep hij de verschillende jeugdelftallen van de club. In het seizoen 2023/24 kwam Nandja uit voor de onder-17 van Hamburger SV. Hij groeide uit tot een vaste waarde in de verdediging en droeg gedurende het seizoen in meerdere wedstrijden de aanvoerdersband. Van de twintig competitiewedstrijden waarin hij speelde, begon hij er achttien in de basis. Een jaar later maakte Nandja de overstap naar de onder-19. Ook daar wist hij snel een vaste plaats te veroveren. In het seizoen 2024/25 kwam hij in zeventien competitiewedstrijden in actie en stond hij telkens in de basis. Onder trainer Lukas Anderer groeide hij uit tot een belangrijke verdediger in het elftal. Hoewel hij nog speelgerechtigd was voor de onder-19 maakte hij in het seizoen 2025/26 de overstap naar de senioren.
In het seizoen 2025/26 werd Nandja toegevoegd aan de selectie van het tweede elftal. Ondanks zijn jonge leeftijd kreeg hij in de eerste competitieronde op 27 juli direct een basisplaats tijdens de thuiswedstrijd tegen het tweede van Hannover 96. Die plek behield hij gedurende het seizoen en in totaal kwam hij in 24 officiële wedstrijden in actie, waarvan hij er 22 in de basis stond. Hij stond in zijn eerste seizoen bij de senioren drie keer vanwege een schorsing aan de kant, waarvan twee keer na een rode kaart: eenmaal na een directe rode kaart tegen VfB Oldenburg en eenmaal na een tweede gele kaart tegen Altona 93.[3][4] Op 26 april maakte Nandja zijn eerste doelpunt voor het tweede elftal tijdens de uitwedstrijd tegen het tweede van Werder Bremen. In de 94e minuut maakte hij na een assist van Noah Katterbach de 1-1-gelijkmaker, waarna zijn ploeg de wedstrijd alsnog met 2-1 verloor.
Een eerste kennismaking met het eerste elftal volgde al in augustus. Een dag na de eerste ronde van de DFB-Pokal speelde Hamburger SV een besloten oefenwedstrijd tegen SC Weiche Flensburg. Nandja kwam na rust in het veld en maakte daarmee zijn officieuze debuut voor het eerste elftal. HSV won de wedstrijd met 2-1.[5] Vanaf de start van de wintervoorbereiding trainde Nandja mee met de eerste selectie.[6] Op 4 april werd Nandja door hoofdcoach Merlin Polzin voor de eerste keer opgenomen in de selectie voor de thuiswedstrijd tegen FC Augsburg. Hij kwam niet in actie en bleef ook tijdens de drie daaropvolgende wedstrijden op de bank. Op 10 mei 2026 maakte hij tijdens de thuiswedstrijd tegen SC Freiburg in de Bundesliga zijn officiële debuut.[7] In het met 3-2 gewonnen duel kwam hij diep in de blessuretijd in het veld voor Luka Vušković. Een week later kwam hij tijdens de laatste competitieronde in de uitwedstrijd tegen Bayer 04 Leverkusen voor de tweede keer als invaller in actie. In mei 2026 tekende Nandja zijn eerste profcontract bij Hamburger SV.[8]