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【理学療法士の”R"】 tidyverseで 2つのExcelデータを1つに join !

    大学院で学んだ、疫学・公衆衛生学の知見を元に、健康的な社会を作りたい理学療法士のジローです。

    最近は、データ分析に特化した場所で勉強に励んでいます。

    さて、皆さんの病院では、患者さんの臨床データをどのように集積・管理していますか?

    大学院に通っていた数年前、院内データをデータベース(DB)化して臨床疫学研究に取り組んでいました。

    DBの立ち上げから、データの収集・入力・管理などを全て一人で行なっていました。DBの質管理には、かなりの労力が必要です。

    院内には、多くのデータがあるのですが、それぞれが別に管理されている事が多いです。院内に点在しているデータを一括できたらなぁー。



    先日から、統計ソフトRの講義で、tidyverseに触れています。


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    Rのロゴ

    tidyverse (タイディーバース) は、データ分析のためのプログラミング言語Rにおいて、「モダンなデータ分析」を行うためのパッケージ群のことです。


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    tidyverse
    Rのコンソールでinstall.packages("tidyverse")を実行すると
    インストールできます。

     データの抽出、加工、可視化を効率的に行うための機能を提供してくれます。

    データ分析する前に、データを綺麗にクリーニングすることには、多くの時間が必要ですが、これを助けてくれます。


    院内に点在した、Excelのデータを分析しやすいように結合する方法をシェアします!


    ‖  Excelで仮想のデータを作ってみました



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    ①患者基本情報(基本情報)のファイルです。
    性別1は男性、2は女性を想定しています


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    ②病名と年齢が入ったデータです(病名)。
    登録順は、バラバラです(Excelでも修正できますけどね)


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    R Studioの Excel取り込みコマンド(readxl)で
    Rに取り込みました。同様に、病名のファイルも取り込みました。


    ‖  2つのデータフレームを結合して1つにする


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    データが別々のデータフレームに入っています。
    一つずつコピペすればいいのですが、データの数が多くなれば不可能です。


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    インストールしていない人は、install.packages("tidyverse")を実行してください。


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    inner_joinという関数を使って、idをキーにして2つを1つに結合しました。
    |>はパイプラインです。 %>%と同じです。

    当院のデータは、患者さんに個別の「患者番号(診察券番号)」が振られているので、これを元にデータを結合できそうです。

    これを知る前は、個々のカルテを開いて、データをコピペしてデータベースを作っていました。

    世の中には、便利なモノがあるんですね。


    引き続き、tidyverseの知識を深めていきたいです。

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    今は、これで勉強をしています!
    通称、宇宙本
    Rだけで、データクリーニングができるとは知りませんでした….


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    理学療法士の専門性を病院の外でも活かすには? | 臨床20年→40代で医療研究開発センターへ転職 | 臨床研究・医療機器開発支援 |リハ修士・公衆衛生学修士・RWD東京大学コース | 疫学・データ解析・規制科学 | #mJOHNSNOW(1期) | ギター🎸 と脂肪肝🍺だけが友達

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