2021-10-29【微生物】丨基于qiime2工具16S/ITS分析全套流程(上)

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摘要

前两个月项目特别多,最近终于有机会闲下来写点文章,把之前搭建的流程梳理一遍。前同事分析16S/ITS使用的qiime1,我接手后感觉不太适应,希望能够使用新版本来搭建,于是花了几天时间重新搭了这个流程,

工具与方法

使用工具:qiime2
使用版本:qiime2-2021.4
参考文档:https://docs.qiime2.org/2021.4/(最新版本2021.8)

流程与命令

梳理一下16S全套分析的流程,这里借用了参考模板,需要说明的是qiime2现在已经不是计算OTUs,而是ASVs,得到feature table。本流程分为上下两章,本章为上章,主要介绍质控,生成特征表,以及注释富集等步骤。
在这里插入图片描述

数据录入,去重与质控

qiime tools import --type 'SampleData[PairedE
VIP 基于qiime2的16S数据分析全流程:从导入数据到下游分析一条龙 基于qiime2的16s测序数据分析分析激活qiime环境我已经把上面这句代码放在了.bashrc里面,因此激活qiime2环境只需要运行activate_qiime即可/bin/bash# 设置目录路径# 输出表头 echo -e "sample-id\tforward-absolute-filepath\treverse-absolute-filepath"# 遍历_R1和_R2文件do # 检查R1文件是否存在then# 获取样本ID(去掉_R1.fastq.gz) 开通可读全文·5.4k 阅读·26 点赞·45 收藏 阅读全文

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穆易青
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