3D Slicer：从入门到精通——数据模块之DICOM

walt3433

最新推荐文章于 2026-06-28 13:21:00 发布

关注

VIP3D Slicer：从入门到精通——数据模块之DICOM

该模块允许导入、导出和网络传输DICOM数据。Slicer支持DICOM功能的常用子集，其特定功能由临床研究的需求驱动：从磁盘读取和写入数据集，并通过DIMSE和DICOMweb网络协议进行网络传输——查询检索发送和接收数据集。医学数字成像和通信（DICOM）是信息交换数字放射学的广泛使用标准。在大多数情况下，医院使用的成像设备（CT和MR扫描仪）将生成保存为DICOM对象的图像。DICOM按以下层次结构组织数据患者… 可以有1个或多个研究（单次成像检查） … 可以有1个或多个系列。

开通可读全文 ·6k 人阅读

最低0.47元/天解锁文章

DICOM

文章目录

DICOM

概述

该模块允许导入、导出和网络传输DICOM数据。Slicer支持DICOM功能的常用子集，其特定功能由临床研究的需求驱动：从磁盘读取和写入数据集，并通过DIMSE和DICOMweb网络协议进行网络传输——查询、检索、发送和接收数据集。

DICOM简介

医学数字成像和通信（DICOM）是信息交换数字放射学的广泛使用标准。在大多数情况下，医院使用的成像设备（CT和MR扫描仪）将生成保存为DICOM对象的图像。

DICOM按以下层次结构组织数据

患者 … 可以有1个或多个
- 研究（单次成像检查） … 可以有1个或多个
  - 系列（单次图像采集，通常对应于单个图像体积） … 可以有1个或多个
    - 实例（通常，每个系列包含多个实例，每个实例对应图像的单个切片）

成像检查的结果是，成像设备生成DICOM文件，每个文件对应一个实例，并标记有信息以确定系列、研究和患者信息，从而将其放置在层次结构中的正确位置。

标准定义了各种DICOM对象。最常见的对象类型是存储CT和MR扫描仪生成的图像体积的对象。这些对象通常每个系列会有多个文件（实例）。图像处理任务通常涉及分析整个图像体积，通常对应于单个系列。

有关DICOM标准的更多信息：

DICOM主页：https://dicom.nema.org/
维基百科上的DICOM：https://en.wikipedia.org/wiki/DICOM
简洁的DICOM标签浏览器：https://dicom.innolitics.com
一个有用的标签查找网站：http://dicomlookup.com/
超链接版本的标准：https://web.archive.org/web/20180624030937/http://dabsoft.ch/dicom/

Slicer DICOM数据库

为了组织数据并允许更快的访问，Slicer保留了一个本地DICOM数据库，其中包含DICOM文件的副本（或链接），以及每个文件内容的基本信息。您可以在计算机上同时拥有多个数据库，并在它们之间切换，例如，如果它们包含不同研究项目的数据。每个数据库只是本地磁盘上的一个目录，其中有一些SQLite文件和子目录来存储图像数据。请勿手动修改这些目录的内容。DICOM数据可以通过文件导入或通过DICOM网络传输进入数据库。Slicer模块也可以使用计算结果填充DICOM数据库。

请注意，DICOM标准没有指定文件在磁盘上的组织方式，因此如果您从CDROM或其他方式从扫描仪传输DICOM数据，通常无法从文件或目录名称中看出内容。然而，一旦数据导入数据库，它将根据DICOM标准的患者/研究/系列层次结构进行组织。

DICOM插件

DICOM模块的主要功能是将采集数据组织映射到体积表示。即，DICOM文件通常描述图像捕获的属性，如CT采集期间表位置的序列，而Slicer在规则间隔的像素图像体积上操作。例如，如果在采集过程中表运动的速度不一致（这种情况在某些对比剂’螺栓追踪’扫描中可能发生），Slicer’s DICOM模块会警告用户采集几何不一致，用户在解释分析结果（如测量）时应谨慎。

这意味着Slicer通常会建议多种解释数据的方法（例如，将DICOM文件读取为扩散数据集或标量体积）。当通过检查文件可计算时，DICOM模块将默认选择最可能的解释选项。到目前为止，标准插件包括标量体积和扩散体积，而扩展可用于分割对象、RT数据和PET/CT数据。预计未来版本会有更多插件。长期目标是能够在DICOM数据对象中表示Slicer的大部分（如果不是全部）数据，因为标准会进化以支持它们。

如何操作

创建DICOM数据库

创建DICOM数据库是所有DICOM操作的前提。当第一次打开DICOM模块时，Slicer会自动创建一个新数据库。选择创建新数据库或打开先前创建的数据库。

您可以随时在DICOM模块面板/ DICOM数据库设置/ 数据库位置中打开其他位置的数据库。

将DICOM文件读入场景

由于DICOM文件通常位于多个文件夹中，它们可以互相引用，并且通常可以以不同的方式解释，因此将DICOM文件读入场景分为两个独立步骤：导入（索引文件以便在DICOM数据库浏览器中显示它们）和加载（在Slicer场景中显示选定的DICOM项）。

DICOM导入

确保安装了所有必需的Slicer扩展。Slicer核心包含用于导入图像的DICOM导入插件，但其他信息对象可能需要额外的扩展。例如，SlicerRT扩展需要用于导入/导出放射治疗信息对象（RT结构集、剂量、图像、计划）。定量报告扩展需要导入导出DICOM分割对象、结构化报告和参数图。 参见支持的数据格式部分中的完整列表。
转到DICOM模块
选择包含DICOM文件的文件夹
- 选项A：将包含DICOM文件的文件夹拖放到Slicer应用程序窗口。
- 选项B：单击DICOM浏览器左上角的“导入”按钮。选择包含DICOM文件的文件夹。
  - 导入按钮有一个下拉菜单，可以通过单击右侧的小向下箭头按钮显示。当前菜单中的唯一项是“将导入的文件复制到DICOM数据库”选项。启用此选项以将所有导入的DICOM文件从其原始位置复制到Slicer DICOM数据库。这在从可移动媒体（CD/DVD/USB驱动器或远程驱动器）加载数据时很有用，以便在媒体弹出后仍能加载数据集。如果禁用复制选项，则DICOM数据库中只会存储导入文件的路径（以及最常用的DICOM标签的值）。
  <